大慧寺建于明正德八年（1513），为司礼监太监张雄创建。嘉靖时提督东厂太监麦某在寺左增建佑圣观，当时与大慧寺一共有殿183 间，占地421亩。嘉靖时期世宗崇信道教摒弃佛教，内官为了保护大慧寺不受毁弃，又在寺后建了一座真武祠。曾于万历二十年和清乾隆二十二年重修，光绪时寺院和道庙逐渐圮毁，解放后尚存山门、山前照壁和东西配殿。

    现大慧寺仅存大悲宝殿，院落为三合布局，大悲殿坐北朝南，另有东、西配殿，于2003年原地复建。大悲宝殿面阔5 间、进深3 间，重檐庑殿顶，筒瓦鸱吻覆顶。上檐为单翘重昂七踩斗拱，下檐为重昂五踩斗拱。两层檐之间有采光用的菱花窗，殿内枋柱插头处均安放彩色小佛，梁枋通绘旋子大点金彩绘，顶部藻井中雕蟠龙纹。整个建筑坐落在高1 米的台基上，台基前有七级垂带踏跺，整座建筑体现了浓郁的明代建筑风格，是研究明代建筑法式不可多得的实物资料。

　　大悲殿明间正面原有一尊高5 丈的千手千眼观音菩萨铜立像，但在抗日战争时期被毁。 现存立佛以及两个胁侍是后来补塑的木胎泥塑。大悲殿内的两面山墙和后檐墙前面有二十八尊明代泥塑彩绘的诸天像。正殿南有石碑两通。

　　大慧寺于1957 年被公布为北京市第一批文物保护单位，2001 年被公布为第五批全国重点文物保护单位。